曾有学者说，20世纪是抗生素的年代，21世纪将是益生菌的世纪。近年来益生菌已经有效地用于常见的消化系统疾病的治疗，如各种原因的急慢性腹泻、便秘、抗生素不良反应、菌群失调等，益生菌还逐渐用于其他系统疾病的治疗，包括肥胖、高脂血症、高血压、脂肪肝、糖尿病等，给患者带来了不少希望。然而，事物从来都是两面的，益生菌也是如此，它也有“不安全”的那一面。
可能引发感染 由于益生菌对肠道上皮细胞有比较好的黏附能力，可能导致细菌易位，通俗地说就是“鹊占鸠巢”。芬兰10年中，全国经血培养确诊的菌血症中，有66例是益生菌引起的，其中48例为乳酸杆菌引起的。有个别报告显示，益生菌保健品可引起肠道炎症，加重炎症性肠病急性期的炎症反应。
出现超敏反应 由于益生菌对免疫机制的调节有两面性，长期使用益生菌会引起肠道（或全身）免疫系统的改变，尤其是对新生儿、个别免疫机能低下或有缺陷者（如艾滋病患者）更为不利。也有报告称，益生菌会影响女性的正常妊娠。目前认为以上这些人群应用益生菌要特别慎重。
产生耐药菌株 由于肠道菌群间，肠道菌群与致病菌之间存在耐药基因的转移，如果益生菌携带耐药基因，向肠道内病原菌转移，会使感染成为严峻问题，给治疗带来许多困难。